Sejarah berdirinya Jurusan Farmasi Β Poltekkes Kemenkes RI ACEH Banda Aceh diawaliΒ  dengan berdirinya program studi Farmasi yang berada di Jurusan Gizi pada tahun 2008. Berdirinya program studi Farmasi ini untuk menjawab dan memenuhi permintaan masyarakat akan kebutuhan tenaga kesehatan yang berlatar belakang pendidikan farmasi. Berdirinya program studi Farmasi ini berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Dengan Nomor: OT.01.01.1.4.2.002053.II pada tanggal 16 April 2008.
Selanjutnya pada tahun 2011 seiring dengan Poltekkes Depkes NAD yang berganti nama menjadi Poltekkes Kemenkes Aceh berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan RI No. 1988/ MENKES / PER/ IX / 2011. 
Tanggal 27 September 2011 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Kesehatan Nomor : 890 / MENKES / PER / VIII / 2007 tentang Organisasi dan Tatakerja Politeknik Kesehatan. Berdasarkan Permenkes tersebut sekaligus perubahan Program Studi Farmasi menjadi Jurusan Farmasi.Β  Dalam pengelolaannya, Ketua Program studi Farmasi dirangkap oleh Ketua Jurusan Farmasi.